В сезоне 2011/12 клуб завоевал бронзовые награды первенства страны. 25 мая 2014 года команда в финале Кубка Молдовы обыграла тираспольский «Шериф» со счётом 3:1 и стала обладателем шестого кубка страны в своей истории^[1], а в чемпионат закончила на пятом месте. В этом же году команда дошла до раунда плей-офф Лиги Европы, преодолев в первых трёх отборочных турах македонский «Шкендия», софийский ЦСКА и австрийский «Грёдиг». На четвёртом этапе в соперники «зубрам» достался греческий ПАОК^[2]. Первый матч кишинёвская команда выиграла со счётом 1:0, ответная игра закончилась крупным поражением со счётом 0:4, таким образом «Зимбру» не сумели впервые в своей истории пробиться в групповой этап Лиги Европы^[3]. В декабре 2014 года на должность главного тренера кишинёвского клуба был назначен Вячеслав Руснак, заменив на этом посту Олега Кубарева^[4]. Сезон 2014/15 команда закончила на 6 месте.

Перед началом нового футбольного сезона в клубе произошли глобальные изменения. Новым инвестором кишинёвского клуба стал молдавский бизнесмен Валерий Морару, а на пост главного тренера был назначен румынский специалист Штефан Стойка. Также вице-президентом стал Марин Митран, тренером вратарей Михай Морару, спортивным директором Алексей Попа^[5]. Сезон 2015/16 команда закончила на 3-м месте.

23 мая 2018 года в финале Кубка Молдовы команда проиграла со счётом 2-0 оргеевскому клубу «Милсами»^[6].